Το σχολείο μας ιδρύθηκε το 1992 με την επωνυμία ΓΥΜΝΑΣΙΟ ΚΟΥΝΟΥΠΙΔΙΑΝΩΝ και λειτούργησε για το σχολικό έτος 1992 ? 1993 στις κτηριακές εγκαταστάσεις του Πολυκλαδικού Λυκείου όπου είχαν παραχωρηθεί τέσσερις αίθουσες.Πρώτος Διευθυντής ήταν ο κ. Γαρεδάκης Γ. Θεολόγος. Στη συνέχεια από το 1993 λειτουργεί σε δικό του χώρο, δικό του κτήριο. Διευθυντές που διετέλεσαν ήταν: ο κ. Σαμπάνης Αναστάσιος, ο κ. Σπυριδάκης Σπυρίδων, ο κ. Μυλωνάκης Γεώργιος, ο κ. Κασιμάτης Σταύρος. Από το σχολικό έτος 2015-2016 διευθυντής είναι ο κ. Τζανάκης Εμμανουήλ